Stage 3-4 mois : Développement d’une base de données pour l’étude épidémiologique de ‘Candidatus Liberibacter solanacearum’

offre de stage : Niveau L3 / Licence professionnelle / Master 1 / Ingénieur : « Développement d’une base de données pour l’étude épidémiologique de ‘Candidatus Liberibacter solanacearum’» – Laboratoire de la santé des végétaux (H/F)

Entité d’accueil : 
Le laboratoire de la santé des végétaux de l’Anses, l’unité de Bactériologie, Virologie et OGM (BVO) est Laboratoire National de Référence (LNR) dans le domaine de la détection des bactéries du phloème. A ce titre, il exerce des activités de recherche et de veille dans ses domaines de compétence. L’Unité d’appui et de coordination de la surveillance (UCAS) apporte un appui méthodologique aux laboratoires de l’Agence en matière de surveillance, notamment au niveau de la gestion et de l’analyse des données épidémiologiques. Le stage est proposé au sein de cette unité et sera co-encadré par l’équipe de virologie et phytoplasmologie du LSV-UBVO.

Contexte :
Dans le cadre de deux projets de recherche financés (H2020 POnTE et CASDAR CaLiso), le LSV UBVO a mis en place un réseau de surveillance du territoire français afin de décrire la répartition géographique de ‘Candidatus Liberibacter solanacearum’ et de conduire une étude épidémiologique de la bactérie. Afin de pouvoir exploiter les données générées par le réseau de surveillance mis en place par le LSV, un système d’enregistrement des données recueillies est nécessaire pour :
– éviter de perdre des données et/ou de ne pas pouvoir les exploiter,
– pérenniser et permettre au fur et à mesure des années (à moyen /long terme, au-delà des projets) de disposer d’un contenu (ensemble de données) utile à la compréhension de l’ensemble du pathosystème,
– centraliser l’ensemble des données générées dans le cadre du projet.
– gérer et analyser les données (selon les objectifs décrits ci-dessus) de façon autonome au LSV,
– fournir aux partenaires du projet les résultats d’analyses des échantillons qu’ils ont confiés au LSV.

Objectifs
Les objectifs du stage sont de :
(1) développer une base de données répondant à un cahier des charges pré-établi par l’UCAS et le LSV ;
(2) construire les requêtes permettant l’intégration des données transmises par plusieurs partenaires ;
(3) vérifier la qualité des données (harmonisation, format, cohérence) et les intégrer dans la base
En fin de stage, si le temps le permet, une analyse statistique descriptive des données ainsi qu’une réflexion sur une mise à disposition des données aux partenaires du projet via une interfaceweb (type R-Shiny) seront envisageables.

Matériel mis en oeuvre
– Cahier des charges à finaliser ;
– Tableaux de données tels que transmis par les différents partenaires ;
– Logiciel de traitement de données (R) ;
– MySQL

l’offre de stage complète :

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