Ingénieur de recherche en chimiométrie – CDD 16 mois (Montpellier) au 01/09/2017

« Développement de modèles chimiométriques pour la discrimination de classes
à partir de plusieurs blocs de données multivariées »

- Type de recrutement :

CDD de 16 mois – Début prévu au 1er septembre 2017

Rémunération: entre 1 991.02 € et 2356.81 € bruts mensuels selon profil et expérience

- Description du poste :

L’UMR ITAP (Informations, Technologies, Analyse environnementale, Procédés agricoles) de l’Irstea, (institut de recherche en sciences et technologies pour l’environnement et l’agriculture) est spécialisée en Sciences pour l’Ingénieur. Elle mène des recherches sur les technologies et les méthodologies appliquées, avec une expertise forte en instrumentation et en expérimentation de terrain. Le domaine d’application concerne l’agriculture de précision et l’environnement.

L’équipe COMiC (Capteurs Optiques pour les Milieux Complexes) développe des systèmes optiques de mesure ainsi que des méthodes de traitement associées pour caractériser les objets ou les milieux qui sont au cœur des procédés agricoles et environnementaux. Les recherches menées par cette équipe pluridisciplinaire reposent principalement sur les technologies de spectrométrie UV, Visible et proche-infrarouge et d’imagerie numérique et hyperspectrale. L’équipe est dotée d’un laboratoire optique à la pointe (plusieurs spectrophotomètres UV-Vis PIR, 3 caméras hyperspectrales, diverses sources dont un laser supercontinum…), support indispensable à ses recherches. Les milieux auxquels l’équipe s’adresse sont optiquement et chimiquement complexes (végétation, produits agricoles, sols, déchets, scènes en extérieur, …).

L’équipe COMiC a développé un savoir-faire dans l’utilisation des techniques d’analyse des données spectrales, pour l’exploration des données (ACP) pour l’étalonnage (PLS, sélection de variables), ou pour la discrimination (PLS-DA). Elle est très présente dans la communauté de la chimiométrie aux niveaux national et international. Pour traiter des problèmes de plus en plus complexes elle s’investit depuis peu dans les techniques d’analyse multi-blocs, permettant de traiter dans un même modèle les signaux de plusieurs capteurs.

Plusieurs projets dans lesquels est impliquée l’équipe produisent des données en relation avec ces techniques de traitement. Les tableaux sont issus de techniques analytiques très variées, comme l’imagerie hyperspectrale (Vis, NIR et fluorescence), la spectrométrie de masse couplée ou non à des techniques de séparation, la fluorescence frontale 3-D, ou la spectrométrie résolue spatialement. Les traitements concernent à la fois l’analyse exploratoire et la discrimination de classes.

Dans le cadre de ces projets, l’équipe COMiC souhaite développer son savoir-faire en diverses méthodes novatrices de traitement de données multivariées dont l’analyse multi-blocs, voire faire progresser l’état de l’art en ce domaine. L’équipe souhaite se renforcer par un Ingénieur de recherches pour un CDD de 16 mois dont les missions seront :

  • Appliquer les méthodes d’exploration et de discrimination existantes, dont les méthodes multi-bloc (CCSWA, N-PLS, PLS-PM, etc.) sur les données des différents projets
  • Proposer des évolutions en termes de méthodes, pour les adapter aux besoins d’étalonnage ou de discrimination
  • Publier les résultats et les avancées méthodologiques

- Profil recherché :

Titulaire d’un doctorat en chimiométrie, en mathématique appliquée ou en statistique, vous êtes attiré par la recherche appliquée à la spectrométrie. Motivé(e) par l’opérationnel et l’expérimental, la production de méthodes originales vous intéresse particulièrement.  Vous avez une base solide en algèbre linéaire et vous l’avez appliquée à des données multivariées complexes, de préférence sur des données spectrales. Vous êtes capable de développer des outils de chimiométrie en Matlab, R ou Python et vous aimez les partager avec d’autres utilisateurs. Vous avez le goût pour le travail en équipe et un très bon relationnel. Vous faites preuve d’initiative et d’autonomie. Vous maîtriser l’anglais.

- Pour en savoir plus et postuler :

Envoyer CV et lettre de motivation en précisant la référence CDD réf 2017-IR-COMIC-ITAP

Nathalie GORRETTA, nathalie.gorretta@irstea.fr

Jean-Michel ROGER, jean-michel.roger@irstea.fr

CheMoocs : un MOOC sur la chimiométrie pour la rentrée

Organisé du 12 septembre au 10 novembre 2016, CheMoocs offrira gratuitement à tous ses inscrits des supports écrits et vidéos, des exercices réguliers, et un forum où échanger avec participants et scientifiques. La formation se doublera par ailleurs d’une initiation à ChemFlow, un logiciel sans lignes de commandes spécialement conçu pour faciliter le traitement chimiométrique des données.
Pour en savoir plus ou vous inscrire dès maintenant, rendez-vous sur la plateforme FUN

https://www.fun-mooc.fr/courses/Agreenium/66002/session01/about

Offre de thèse CIFRE Limagrain + Irstea : Couplage de la spectrométrie visible – proche infrarouge et un vecteur mobile pour la caractérisation de la végétation dans le cadre de campagnes de phénotypage

Laboratoire d’accueil : UMR ITAP (Irstea/Montpellier SupAgro), Equipe COMiC (Capteurs Optiques pour les Milieux Complexes)
Directeur de thèse : Jean-Michel ROGER

Encadrement  / Contact  : alexia.gobrecht@irstea.fr, fabienne.henriot@limagrain.com

Début et localisation : Début 2016 à Montpellier.

Description du sujet de thèse :

Sujet complet en pdf:

These_CIFRE_Limagrain_IRSTEA

Résumé :

Un phénotypage précis et à haut débit des traits agronomiques et physiologiques est la clé de la réussite d’un programme de sélection. Alors que le coût du génotypage a diminué durant ces dernières années, le phénotypage est devenu le principal facteur limitant pour la caractérisation des variétés, la dissection génétique des caractères et leur implémentation dans les programmes de sélection. Il est donc primordial de pouvoir développer des outils et méthodes innovants de phénotypage à haut débit et non destructif, applicable à l’échelle d’un programme de sélection (plusieurs dizaines de lieux, plusieurs milliers de variétés par lieu).

Dans cette thèse, il s’agira de proposer un système optique de mesure par spectroscopie visible et proche infrarouge embarqué sur  un vecteur mobile ainsi que la chaîne de traitement permettant d’accéder aux paramètres d’intérêt nécessaires pour le  phénotypage rapide du maïs (composantes du rendement, réponse de la plante à son environnement, …). Notamment, cette approche doit permettre :

  • L’extraction de paramètres d’intérêts décrivant la réponse de la plante aux stress abiotiques à partir des spectres acquis : via la construction d’indices mais également via la mise en œuvre d’approches chimiométriques originales ou encore le couplage avec des modèles agronomiques existants
  • La spatialisation de l’information : production de cartes, d’indicateurs d’hétérogénéité spatiale

La problématique de la thèse est : « Comment tirer le meilleur parti du couplage entre un capteur à faible résolution spatiale / forte résolution spectrale et un vecteur mobile et agile pour caractériser le maïs dans le cadre de campagne de phénotypage dans un objectif de sélection variétale ? »

Profil / Compétences et formations requises :

Le sujet de thèse se situe à l’interface des disciplines agronomiques, traitement d’image et du signal, télédétection et/ou spectrométrie . Un candidat avec de bonnes connaissances en agronomie et un approfondissement solide en analyse de données (Matlab, Scilab, R) et algorithmique sera privilégié.

Candidature avant le 30 novembre 2015 :
Les candidats transmettront par email un CV, une lettre de motivation  à alexia.gobrecht@irstea.fr et fabienne.henriot@limagrain.com

Durée : 36 mois
Salaire : 29 000 € annuel brut

2.1_irstea_logoweblimagrain

Workshop optique/photonique

Toutes les informations dans le fichier suivant : Workshop_optique_agro_preprogramme_290911 V2